对自然科学研究得越多，达尔文头脑里的一些问题就变得越来越明显起来。因为随着考察的进行，大量的自然事实显示，《圣经》中说的上帝造物理论，越来越难使人相信了。
在这几年的考察过程中，达尔文也曾对宗教问题进行了很多次思考。思考的结果是，他对上帝创世的信仰已经发生了根本的转变。他开始不相信上帝的创造和神的启示了。
但是在情感上，达尔文还是对宗教怀有深深的敬意，然而理性告诉他，这所谓的创世论学说并不是像其所说的那么完美。因为在达尔文研究的领域，不论是从地质学的角度还是生物学的角度，创世论都很难站稳脚跟。
在参加环球考察以前，达尔文虽然不是一个虔诚的基督教徒，但他受父母亲的影响，也从没有对《圣经》的创世说和基督教教义产生过怀疑。因为在基督教的教义中，除了《创世纪》是达尔文有所怀疑的内容外，还有不少内容都是劝人弃恶向善的。达尔文觉得这些东西能激发人们对美好东西的向往，而这种向往才应该是人们信仰宗教的原因。
于是，他带着这种信仰开始了他的考察之旅。在刚搭上贝格尔舰的时候，达尔文还抱着十分正统的宗教观念。每当他来到一处考察地时，他总是会用惊奇和赞美来表达出他对上帝的崇敬。他眼前看到的一切，不是充分说明了上帝造物的伟大吗？
但是，在考察后期，随着他观察到大量生物物种变异的情况后，他发现这些现象根本无法再用上帝造物来进行解释了。达尔文在1836年1月19日的日记中就提出过怀疑：怎样解释都属于一个属，但不是同一个种的生物现象呢？难道说澳大利亚的蚁狮和欧洲的蚁狮是两个造物主分别创造出来的吗？
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提出疑问，解决问题，才能学到更多的知识。
有些笃信上帝创世的地质学家说，之所以有不同的物种，是由于造物主是在不同时期进行创造的，因此有了创造的差异。然而地质考察表明，地质变化大都是要经历了千百万年以上的漫长时间，而创世论无论如何也说不清楚这其中的问题。很显然，《圣经》中的某些历史是伪造的。
这是一个在达尔文脑中纠结很久的一个很深刻的问题，达尔文有生之年一直为其所困，纵使发表了进化论学说，达尔文还是对宗教怀着一种特殊的心情。他虽然改变了对宗教的信仰，但他一生中从不反对宗教活动，因为达尔文是十分看重宗教在道德教化方面的作用的。他认为，宗教活动可以使人们的心灵变得更加美好，道德会变得更加高尚。达尔文也思考过，人们之所以会相信上帝和神的存在，是因为世界上存在着许多的苦难和罪恶，靠人们自身的反省是不够的，于是人们就幻想出一个拥有无限神力的上帝来改变这个世界。
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达尔文是很注重道德的人，因此，宗教的道德教化也得到了他的认可。
达尔文在剑桥学习的时候，曾经认真地读过神学家佩利的《自然神学》，那本书里利用了很多生物的结构和习性来论证上帝造物。在广阔的大自然里，很多生物都有奇妙并独特的结构和习性，利用这些结构和习性，它们可以巧妙地躲避各种伤害。像我们所熟悉的蚌，它那两片张合自如的壳就是它的武器，那么如果从人的角度来看，蚌的那两片壳是怎么绞合在一起的呢？这在人看来是难以捉摸的。佩利的解释是这种神奇物种的特性的形成只能是由上帝创造出来，这和我们人类创造出一扇可以开关的门窗是一样的。
刚开始，达尔文对于佩利关于上帝创造生物物种的论证非常信服。因为，的确像佩利所说，如果没有一个比人更高智慧的神，怎么能够回答自然界中到处可见的像蚌那样奇妙的生物呢？如果不是上帝的创造，像蚌那样的构造和特性是怎样来的？
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认识随着观察者知识的不断深化而深化。
随着达尔文学识的不断增长，以及他不断地研究发现，佩利的观点正在失去说服力。
因为，已经有动物学家和植物学家通过实验，采用选种、改变生长环境等方法培育出了新的物种。
新物种的出现，给原先的理论带来了很大的冲击。因为很明显，这些新物种是人培育出来的，而非万能的上帝。尽管这样，还是有坚持神创论的学者固守着旧的观念，强词夺理地说新物种是上帝为那些育种家特意安排的。
达尔文在他的著作《动物和植物在家养下的变异》中向神创论者质问道：人们把从山上采来的石块按建造房屋的需要制成各种形状和大小的石料，这也都是上帝安排的吗？如果不是上帝安排的话，我们凭什么要相信家养动物和栽培植物的变异是上帝为了饲养家和育种家的缘故而特意安排的呢？
不过，达尔文也有困惑的地方，虽说他后来找到了生物界的自然法则，但他也只是回答了物种起源的问题，对于万物到底是怎么形成的这一问题，他知之甚少。
达尔文是一个诚实的科学家，有着崇高的职业道德。自然界永远会存在秘密，科学家也会永远不停地进行探索。对于未知的东西，科学家应该尽可能做一个不可知论者。在这点上，达尔文做得相当好，他一直以一位谦虚的科学家的身份做着他的研究。对于不明白的事物，他也会十分坦白地承认：“我不能假装自己可以对深奥的问题提出最低限度的解释。人们必须要学会去作一个不可知论者，而我，就是这些人中的一个。”
我的一句话感受
对任何事情都要有找出其根源的决心，达尔文充满了探索求知的精神。
【名人名言】
我既没有突出的理解力，也没有过人的机智。只是在觉察那些稍纵即逝的事物并对其进行精细观察的能力上，我可能在普通人之上。
——达尔文
古今中外，凡成就事业，对人类有作为的无一不是脚踏实地、艰苦攀登的结果。
——钱三强
凡事都要脚踏实地去做，不弛于空想，不骛于虚声，而唯以求真的态度作踏实的工夫。以此态度求学，则真理可明；以此态度做事，则功业可就。
——李大钊
搞科学工作需要人的全部生命，八小时工作制是行不通的。
——朱冼
我们不仅要有政治上、文化上的巨人，我们同样需要有自然科学和其他方面的巨人。
——郭沫若
正确的道路是这样：吸取你的前辈所做的一切，然后再往前走。
——列夫·托尔斯泰
科学上没有平坦的大道，真理长河中有无数礁石险滩。只有不畏攀登的采药者，只有不怕巨浪的弄潮儿，才能登上高峰采得仙草，深入水底觅得骊（lí）珠。
——华罗庚
攀登科学高峰，就像登山运动员攀登珠穆朗玛峰一样，要克服无数艰难险阻。懦夫和懒汉是不可能享受到胜利的喜悦和幸福的。
——陈景润
才能来自独创性。独创性是思维、观察、理解和判断的一种独特的方式。
——莫泊桑
在科学上没有平坦的大道，只有不畏劳苦沿着陡峭山路攀登的人，才有希望达到光辉的顶点。
——马克思
在科学的入口处，正像在地狱的入口处一样，必须提出这样的要求：这里必须根绝一切犹豫；这里任何怯懦都无济于事。
——马克思
只有经过长时间完成其发展的艰苦工作，并长期埋头沉浸于其中的任务，方可望有所成就。
——黑格尔
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